Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü’nün temelleri, 2005 yılında, Fen Bilimleri Enstitüsü'ne bağlı olarak, Kimya Mühendisliği Anadilim Dalı altında, Biyomühendislik Yüksek Lisans Programı olarak açılması ile atılmıştır.

Biyomühendislik Bölümü, Mühendislik Fakültesi Dekanı (2000 – 2009) ve Kimya Mühendisliği Bölümü'nün de kurucusu Prof. Dr. Ahmet Alp SAYAR tarafından kurulmuştur. Biyomühendislik Bölümünün kurulmasını takiben, Yüksek Lisans Programı Biyomühendislik Lisansüstü Programına aktarılmış ve 2008-2009 eğitim öğretim yılında Bölümün doktora programı YÖK tarafından kabul edilerek öğrenci almaya başlamıştır.

2010-2011 eğitim öğretim yılında lisans programına öğrenci alan Biyomühendislik Bölümü, öğrencilerine, temel biyomühendislik ve biyoproses mühendisliği bilgi ve becerilerinin yanı sıra biyopolimerler, protein mühendisliği, proteomik, sistem biyolojisi, biyomateryal, çevre ve endüstriyel biyoteknoloji gibi teknik seçmeli dersler ile biyomühendisliğin farklı birçok alanında uzmanlık kazandırmayı hedeflemektedir.